ピロリ菌感染に対する薬物療法は、通常、2種類の抗生物質、ビスマス剤、プロトンポンプ阻害剤の4剤併用療法である。 2種類の抗生物質としては、アモキシシリン、クラリスロマイシン、メトロニダゾール、チニダゾール、レボフロキサシン、フラゾリドン、テトラサイクリン、シプロフロキサシンなどがよく使われる。注意すべき点は、いずれかの抗生物質にアレルギーの既往があったり、抗生物質の使用中にアレルギー反応が起こったりした場合は、医師に報告して使用する薬剤を変更する必要があることである。 ビスマスは、クエン酸ビスマスカリウム、コロイド状ビスマスペクチンなどとして使用することができ、服用後に胃粘膜表面に保護膜を形成することができる。 オメプラゾールやラベプラゾールなどのプロトンポンプ阻害薬は、ヘリコバクター・ピロリ感染による胃潰瘍などの予防によく使われます。 上記の薬は、医師の指導のもとで服用すべきものであり、自己判断でやみくもに使用すべきではありません。