新生児幽門肥大性狭窄症は一般的に先天性幽門肥大性狭窄症を指し、主に薬物治療と手術治療が行われる。
1.薬物治療：先天性肥厚性幽門狭窄症に対する特効薬はなく、幽門括約筋の痙攣を緩和するためにアトロピン液などの対症療法的補助療法が主体です。激しい嘔吐による脱水、酸塩基平衡障害、電解質異常に対しては、ブドウ糖注射液、塩化ナトリウム注射液などを使用して改善します。
2.手術：手術は先天性肥厚性幽門狭窄症の主な治療法であり、従来の開腹手術または腹腔鏡手術によって肥厚性幽門を切開し、閉塞を解除する。
新生児が先天性肥厚性幽門狭窄症と診断された場合、親は時間内に病院に連れてきて、病状に応じて医師が的を絞った治療を行う必要がある。 母乳育児が推奨され、新生児の毎日の授乳にもっと注意を払い、早すぎる授乳や満腹になりすぎる授乳を避け、感染症を避けるために手術後の新生児の切開部を清潔に保つ必要がある。