モキシフロキサシンは尿路感染症には無効であるため、尿路感染症はまず経験的に投与し、原因菌の薬剤感受性結果に応じて有効な抗生物質を選択する。 尿路感染症の原因菌は大腸菌、腸球菌、黄色ブドウ球菌など多岐にわたるため、尿路感染症の治療に統一された特効薬はなく、通常はまずアモキシシリン、フロトキシンなどの経験的薬剤を投与し、薬剤感受性の結果が出た時点で原因菌に感受性のある薬剤を選択して治療を行う。 抗生物質であるモキシフロキサシンは、感受性治療薬として適用されることもあるが、一般的には薬剤感受性の結果に基づいて判断する必要がある。 この薬の一般的な副作用は吐き気、下痢、めまいなどである。小児、青少年、妊婦、授乳婦などには禁忌である。 尿路感染症は医師の指導のもとで治療薬を使用する必要があり、日常生活では、多めの水分摂取、こまめな排尿に注意する。