アルカリフォスファターゼの数値上昇と肝癌との間には相関はなく、肝胆道系疾患や骨代謝関連疾患で数値上昇がみられることがあり、肝癌の高感度かつ比較的特異的な診断はα-フェトプロテインである。 アルカリホスファターゼは主に肝臓と骨に由来する。 急性肝炎、肝硬変、胆石症、肝細胞がんなどの肝胆道系疾患では程度の差こそあれ上昇するが、上昇値と特定の疾患との間に厳密な相関関係はない。 さらに、アルカリフォスファターゼは活発な骨形成活性のマーカーであり、甲状腺機能亢進症、線維性骨炎、骨折治癒、骨形成性骨腫瘍などで上昇することがある。 肝細胞癌の診断に最も適したマーカーはα-フェトプロテインであり、α-フェトプロテイン>400ng/mlは、他の疾患の除外に基づく肝細胞癌の診断基準の1つとして使用できる。 α-フェト蛋白>200ng/mlが8週間続く肝癌の画像所見がある場合も、肝癌の可能性を強く疑うべきである。 アルカリフォスファターゼが上昇している患者は、できるだけ早く病院へ行き、アルカリフォスファターゼ上昇の原因を特定し、的を射た治療を受けることを勧められる。