新生児化膿性髄膜炎の治療が適時に成功すれば、脳実質の損傷は軽く、知能に影響を与えないかもしれないが、脳実質の損傷がより深刻であれば、聴力、知能、運動、言語など多くの後遺症を残すかもしれない。
新生児化膿性髄膜炎は頭蓋内の細菌感染によって起こるが、髄膜のみの感染であれば、積極的な治療の後、子供の成長と発達に伴い、ほとんどの子供に知的障害は残らない。 脳実質の損傷がより深刻である場合、それは知的退行を引き起こす可能性があり、この時点で、積極的なリハビリテーションが必要であり、具体的な知的滞在数歳、脳の損傷の程度、治療プロセス、および後のリハビリテーションが関連している。
新生児に敗血症性髄膜炎が疑われる場合には、治療のために入院させ、後遺症の発生を抑えるために、回復期に積極的なリハビリを行うことが推奨される。