大腸内視鏡検査は、何歳まで受けなければならないという決まりはありません。 乳幼児も大腸内視鏡検査を受けることができます。
一般的に、冠動脈疾患、心筋梗塞、免疫系障害などの基礎疾患がある場合は、大腸内視鏡検査を行うことができません。
肛門狭窄や感染症、裂肛、肛門周囲膿瘍、腸穿孔、腹膜炎などの腹膜刺激徴候がある場合も、大腸内視鏡検査はできない。
女性患者の場合、月経中、妊娠中、骨盤の初期手術中は大腸内視鏡検査を行ってはならない。
大腸内視鏡検査は、上記の禁忌以外のすべての症例で行うことができる。 特に以下のような適応のある患者には行う：
1.原因不明の消化管出血、慢性下痢、腹部腫瘤、腹部中下腹部の痛み。
2.大腸腫瘍、慢性炎症性腸疾患。
3.原因不明の低位腸閉塞。
大腸内視鏡検査を必要とする患者は、患者の状態をさらに評価するために消化器専門医に相談することが推奨される。