潰瘍性大腸炎の治療には、主に食事療法などの基本的治療、メサラジンなどの薬物療法、腸切除吻合術などの外科的治療がある。
1.基本治療：消化がよく栄養価の高い食事を与え、栄養不良や重症の患者には点滴による栄養補給を行う。 Saccharomyces boulardiiやLactobacillus acidophilusなどのプロバイオティクスは腸内細菌叢の調整に、モンテルカストなどの止瀉薬は下痢の治療に、スコポラミンなどの鎮痙薬は痛みの緩和に使用できる。
2.薬物療法
(1) アミノサリチル酸製剤：メサラジン、サラゾスルファピリジンなど、炎症性メディエーターの生成を抑制することができ、潰瘍性大腸炎治療の基本薬である。
(2)グルココルチコステロイド、例えばケトロラクトロメタミン、メチルプレドニゾロンなど、主に非特異的な抗炎症作用と免疫反応抑制作用により効果を発揮し、通常潰瘍性大腸炎の短期ショック療法として使用される。
(3)免疫抑制剤：アザチオプリンなど。主に寛解後の維持療法に用いられ、5-アミノサリチル酸による炎症性腸疾患の治療効果が乏しい潰瘍性大腸炎患者や、ホルモン療法に依存または無効な潰瘍性大腸炎患者に用いられる。
3.手術：潰瘍性大腸炎は通常手術を必要としないが、腸穿孔、腸閉塞、大腸癌を合併している場合は、腸瘻造設術、腸切除吻合術などを行う。
上記の薬剤はアレルギーのある人は服用できないので、医師の指示に従って服用する。 潰瘍性大腸炎と診断された場合、病気の原因をはっきりさせた後、医師の指導の下で、病気の副作用を減らすために、適時に普通の病院に行き、的を絞った治療をすることをお勧めします。