無痛胃腸内視鏡検査は一般的に15分～30分程度で終了し、内視鏡治療が必要な場合は、様々な手術によって時間が適宜延長され、1時間あるいはそれ以上かかることもある。
無痛胃腸検査を行う前に、静脈麻酔が必要で、被検者が完全に眠り、感覚がなくなってからでないと手術ができず、静脈麻酔には一定の時間が必要で、手術が終わっても患者が覚醒していないことがあり、覚醒するのを待つのに時間がかかり、全過程は一般的に約15分から30分かかる。
患者の病変の複雑さ、腸の準備、癒着の有無、明らかなS状結腸の冗長性の有無などは検査時間に影響し、患者の消化管粘膜に病変がある場合、通常は生検を行う必要があり、採取する部位が多ければ多いほど時間がかかり、内視鏡による生検や治療は検査時間を長引かせ、1時間以上かかることもある。
胃内視鏡検査の結果、問題があると思われる場合は、時間内に病院へ行き、原因をはっきりさせ、標準的な治療を受ける必要がある。