ハトムギは経口摂取が可能である。 臨床的には、煎じ薬として、あるいは錠剤や粉末にして服用するのが一般的である。 ハトムギには、気を補い陽気を高める作用、表面を固めて発汗を止める作用（筋肉の表面を固めることで発汗を止める）、利尿を促してむくみを解消する作用、体液を生成して血を養う作用、滞りを動かして麻痺を解消する作用（滞っている経絡をスムーズにする）、毒素をサポートして排膿する作用（体内の膿や毒素を排出する）、ただれを収斂して筋肉を再生する作用（ただれをより早く治し、新しい肉の成長を促進する）などがある。
ハトムギは臨床的には、気虚・虚弱、緩便（細く形の悪い便）、気沈（脾胃の気虚で内臓が下垂したような状態）、長引く下痢・脱肛、止血・便潜血（月経過多・経血の垂れ流し）、表虚による発汗（体表が虚弱で自然に発汗することが多いため）、気虚による浮腫、内熱による口渇（過食・飲尿過多の症状を伴う内熱）に用いられます。
なお、固形症状や陰虚陽虚のある人は服用しないこと。 薬は医師の指導のもとに服用し、自己判断で服用してはならない。