水腎症の治療には保存的治療、局所治療、手術などがある。
1.保存的治療：症状が軽い場合、病気の進行が遅いので、保存的な方法で治療することができ、医師の指導の下、抗感染薬、例えば、オフロキサシン、アモキシシリンなどを服用します。 尿路結石による水腎症には、クエン酸カリウムナトリウムなどの結石溶解剤を服用します。
2.局所治療：症状がはっきりしている場合は、癒着剥離、血管置換、吻合などの局所治療を行います。局所破裂時間が長すぎて、尿管の発育が悪くなっている場合は、尿管切除、吻合などの治療を行います。
3.手術：病状が悪化し続け、腎臓の機能が著しく低下した場合、外科的治療によって患側の腎臓を摘出することができます。
患者は食生活を改善し、塩分摂取量を減らし、脂っこいものや刺激の強いものを食べないようにする。 病状が悪化しないように、定期的に病院を受診し、適時診察と治療を受けること。