結石形成の原因には、代謝異常、尿路閉塞などの局所的原因、薬物関連因子などがある。具体的な原因は、日常的な血液検査や尿検査によって明らかにすることができる。
1.代謝異常：尿pH、高カルシウム血症、高カルシウム尿症、高オキサ尿症など。 シスチン尿症、低硝酸尿症、低マグネシウム尿症などの代謝異常のために尿路結石になりやすい患者もいる。
2.局所的な原因：尿路閉塞は感染と結石形成につながり、結石自体も尿路異物であり、後者は尿路閉塞と感染の程度を悪化させ、結石形成の主な要因である。
3.薬物関連要因：薬物による腎臓結石は2つに分けられ、1つは尿中の濃度が高く、溶解度が比較的低いもので、例えばアムホテリシン、セフトリアキソンナトリウムなどである。 もうひとつは、ビタミンDやビタミンC、コルチゾールなどの結石形成を誘発するものである。 上記の薬剤は代謝の過程で他の成分の結石を形成する可能性がある。
結石形成の原因には代謝異常などがあり、患者は病院を受診して検査を受け、具体的な原因を明らかにすることができる。