一般的な副作用のない高気圧酸素室は、操作が適切でない場合、酸素中毒、減圧症、減圧合併症、中耳の気圧損傷、肺の気圧損傷や他の副作用を生成する可能性がありますが、5つに限定されないの通常の操作で。
1.酸素中毒：高濃度の酸素を長時間吸入すると、胸痛、咳、めまい、呼吸困難などの身体機能障害を引き起こす。
2.減圧症：通常、作業者の減圧速度が速すぎて過剰減圧となり、組織や血液にガスが溶け込み、重症の場合はガス塞栓症を引き起こす。 また、関節が赤く腫れたり、皮膚がかゆくなったり、吐き気や嘔吐などの合併症を起こすこともある。
3.中耳空気圧障害：高気圧酸素ブーストの過程で外圧が上昇し、ガスが耳管を通って鼓室に入らなくなり、内外の圧力差が生じ、鼓膜粘膜のうっ血や浮腫を引き起こす。
4.肺気圧迫損傷：気胸の発見や治療が間に合わず、減圧中に胸部ガスの膨張が起こり、肺が圧迫される。
このほか、副鼻腔気圧損傷、鼻出血などの症状が出ることもありますが、一般に高気圧室は通常の手術が比較的安全である限り、医師の指導のもとで治療することをお勧めします。