腸内細菌叢異常による便の緩みには、プロバイオティクスの摂取が有効である。 病的要因（腸炎など）により、単純なプロバイオティクス治療では満足な結果が得られず、必ずしも便の形成が回復するとは限らない。
プロバイオティクスは人間の腸管に必要な善玉菌であり、その役割は腸内細菌叢のバランスを調整することである。腸内細菌叢のバランスが崩れると便の形が悪くなるが、プロバイオティクスの摂取は効果的で、腸内細菌叢のバランスを促進し、便の形を整えることができる。
プロバイオティクスは腸炎による腸内細菌叢のアンバランスの治療にも使用できるが、効果は必ずしも理想的ではなく、他の薬と併用する必要がある。細菌感染症であれば、ノルフロキサシン、レボフロキサシンなどの抗炎症薬を投与し、モンテルカストと併用して下痢を止めるなどの方法がある。
プロバイオティクスは、生きたBacillus licheniformisを過剰に摂取すると便秘を起こすことがあり、Bacillus subtilis Dictyostelium顆粒として摂取すると、下痢が増えるなどの副作用が出ることがある。
禁忌は明確ではありませんが、プロバイオティクスの水温は40℃以上であることができない、抗生物質と一緒に服用することはできません、それは医師の指導の下で薬を使用することをお勧めしますが、薬を服用することは推奨されていません。