フェンネルは時にアレルギー、腹部膨満感、緩い便、便秘、吐き気などの悪さを引き起こすことがある。 1.ウイキョウは漢方薬であると同時に香料でもあり、散寒解痛（体内の冷えを取り除いて痛みを和らげること）、整気健胃の作用があり、月経困難症、腹部の冷痛、心窩部（腹部）の膨満感、嘔吐、下痢などの治療に用いられますが、医師の指導のもと正しく用いれば、明らかな副作用はありません。 2.ウイキョウは辛味と温性の性質があり、過剰摂取や陰虚火亢（体内の陰と精が不足し、火が亢進している）の人が服用すると、過敏熱（イライラしてすっきりしない）、寝汗（寝ると異常に汗をかき、起きると汗が止まっている）、めまい、不眠などの不快な症状が出ることがある。 3.フェンネルには特有の香りがあり、その味に慣れていないと、吐き気や嘔吐などの症状が出ることがある。 フェンネルを病気の治療に使用する場合は、医師の診断のもと、他の薬草と併用することが推奨され、単独で使用してはならない。