自己抗体の臨床的意義による分類は.次のように分けられます：1.疾患シグネチャー自己抗体：これらの自己抗体は.特定のAIDでのみ認められ.他の疾患ではほとんど認められず.AIDの診断に大きな価値がありますが.多様性に欠け.感度も低く.例えば.SLEの抗Sm抗体（感度20～30％）.抗RNP抗体（感度20～30％）や抗増殖細胞核抗原（PCNA）抗体（感度わずか2～7％）。 抗体（感度20％～30％）.抗増殖細胞核抗原（PCNA）抗体（感度2％～7％のみ）。 2.疾患特異的自己抗体：これらの自己抗体は.ある種のAIDでは感度が高く.他の疾患でも認められるが.感度は低い。例えば.SLEの抗二本鎖DNA（dsDNA）抗体（感度70～80%.特異度90～95%）や.1型自己免疫肝炎.混合結合組織病などの疾患では.感度10%未満である。 3.疾患関連自己抗体：特定のAIDと密接に関連する自己抗体ですが.他の疾患でも認められることがあり.感度も低くありません。例えば.原発性ドライ症候群（pSS）の抗SSA抗体と抗SSB抗体は.それぞれ70％と40％の陽性率で.pSSの診断に大きな意義がありますが.SLEでもしばしば認められ.それぞれ50％と30％の陽性率になります。 4.疾患非特異的自己抗体：様々なAIDで認められ.疾患診断に特異的ではない自己抗体で.例えば抗核抗体（ANA）は様々な結合組織疾患で認められ.結合組織疾患のスクリーニング検査として用いられている。 5.生理的自己抗体：自己の抗原に対する自己抗体は.健常者にもしばしば存在する。 これらの自己抗体は力価が低く.自己の組織に損傷を与えるほどではないが.老化・変成した自己成分の除去を助け.免疫自己安定化効果を発揮することがある。