胃カメラだけではピロリ菌感染を直接検出することはできず、通常は胃カメラ下で迅速ウレアーゼ検査を行うか、生検して病理検査を行えばピロリ菌感染を検出することができる。 胃カメラだけでは胃の占拠性病変や粘膜びらん等の一部の病変を目視で観察することができるが、ピロリ菌感染は目視では検出できないため、直接検出することができない。 ピロリ菌は通常、胃カメラ下で胃粘膜を採取して病理組織を生検したり、胃カメラ下で迅速ウレアーゼ検査を行ったりすれば検出できる。 ピロリ菌の感染は、尿素呼気試験や糞便抗原試験など、より簡便で正確な他のスクリーニング法でも検出できる。