クローン病と自己免疫性甲状腺疾患は、その発症に免疫因子が関与しているが、一般にクローン病は甲状腺と直接の関係はない。
クローン病は消化器系の疾患に属し、その発症機序や原因因子は完全には解明されておらず、環境、遺伝、免疫、感染などが関係し、腹痛、下痢、腹部腫瘤などの症状が現れると考えられています。 甲状腺は内分泌臓器の一種で、甲状腺ホルモンを分泌して成長・発育を促します。 したがって、クローン病が甲状腺と直接関係することは一般的にはありません。
しかし、クローン病の発症には免疫因子が関係しており、自己免疫性甲状腺疾患（橋本甲状腺炎、バセドウ病など）の発症にも免疫因子が関係しています。
クローン病や甲状腺疾患が疑われる症状がある場合は、病院を受診することをお勧めします。