肺炎桿菌は通常、鼻咽頭、腸、糞便に存在するが、空気、水、土壌から発生することもある。 肺炎桿菌は単為生殖性の嫌気性細菌で、ヒトや他の霊長類の消化管や鼻咽頭に定着する。 肺炎桿菌は腸内細菌で、健康な人のごく一部の腸内にも存在する。 肺炎桿菌は日和見病原体であり、感染力は強くないが、エアロゾルを形成して感染することがある。 患者の罹患率は、肺炎クレブシエラの侵入、危険因子、宿主の抵抗力の相互作用の結果である。 菌濃度が高いか、患者の抵抗力が低い場合、肺炎桿菌は増殖し、毒素が産生され、肺うっ血、水腫、滲出液、さらには出血や壊死を引き起こす。 ほとんどの場合、炎症反応は対処可能であるが、炎症反応が重篤な場合は、炎症性大発生を起こすことがあり、早急な治療が必要である。