バレット食道は通常、重症度に応じて自宅で治療するか、症状がひどい場合は入院して治療することができる。
バレット食道は、病変部位の不均一性が少なく、症状が軽減し、嚥下障害やその他の不快感がなければ、通常は自宅で治療が可能である。 そのためには、食事を軽くて消化のよいものに変え、必要に応じて、酸抑制剤のオメプラゾールや胃刺激剤のドンペリドンなどの薬物療法を行う。
病変が重度で、明らかな不均一性があり、悪性の可能性が高い場合や、病変部位に食道狭窄や嚥下障害があり、薬物療法ではコントロールが困難な場合は、入院して病変部位を内視鏡的に切除する必要がある。
バレット食道を自宅で治療するのがよいのか、入院して治療するのがよいのかは、それぞれの状況に応じて判断すべきであり、医師の指導のもとに合理的に標準化された治療を行う必要がある。