ショウジョウバエ病は寄生虫の病気であり.全体的な予後は良好です。 重症の場合は.まず栄養状態を改善し.貧血を改善し.全身状態を良くしてから.虫下しや駆虫の治療を行います。 駆虫治療には.プラジカンテルという駆虫薬が好ましい。 プラジカンテルは副作用が非常に軽く.毒性も低いので.比較的使いやすい。 総量は通常10～20mg/kg.3回に分けて1日以内に服用すると.駆虫効果が高く.虫卵移行率は治療1ヶ月後に97.5%.あるいは100％に達することがある。 チオクロロフェノールは駆虫に使用でき.用量は大人3g.子供50mg/kgで.夜間または2日連続で1回服用する。 便秘の患者は下剤を追加でき.1回の服用で効果は70％以上に達することができる。 その他.檳榔子煎じ薬やニトロチオシアニンも有効です。