Saccharomyces boulardiiは、一般的にバルクの形で臨床的に使用され、患者は時折、蕁麻疹、アレルギー反応、難治性便秘、口渇、および真菌性菌血症、血管浮腫、皮膚発疹などのまれな副作用を服用後に見る。 サッカロミセス・ブーラルディ粉末は、生きたサッカロミセス・ブーラルディを含む微生物生態学的製剤で、臨床的には主に小児および成人の下痢症の治療に使用され、腸内細菌叢のアンバランスによる下痢症状にも一定の治療効果がある。 本剤の副作用は前述のとおりであり、本剤投与中に何らかの不快感が生じ、それが緩和されずに持続する場合、あるいは症状がより重篤な場合には、医師の診断を受ける必要がある。 なお、サッカロミセス・ブーラルディーの使用は、本剤の成分にアレルギーのある患者、果糖に不耐性の患者、中心静脈カテーテル注入中の患者、グルコースまたはガラクトースの吸収障害のある患者、先天性ガラクトース血症の患者、ラクターゼ欠乏症の患者には禁止されている。 サッカロマイセス・ブーラルディを摂取する際は、副作用の誘発を避けるため、医師の指示に基づき、自己判断による摂取は避けるべきである。