通常、適切な量の息止め運動は有害ではないが、不規則で過度な息止め運動は身体の許容量を超え、呼吸器系、循環器系、中枢神経系などに障害を引き起こす可能性がある。
1.呼吸器系：長時間の息止め運動は、酸素不足による呼吸性アルカローシスや炭酸ガス血症を引き起こし、重症になると呼吸が抑制され呼吸不全に陥る。 体内の酸素が不足すると、動脈血酸素分圧が低下し、反射的に呼吸中枢を刺激して呼吸が深くなり、過換気が起こり、呼吸性アルカローシス、高カプニアなどを引き起こす。
2.循環器系：長時間の息止め運動は、初期に心拍数の増加、血圧の上昇などが起こる可能性がある。重度の低酸素状態になると、心筋のエネルギー代謝障害が起こり、心臓の負荷が増加し、洞性徐脈、心室細動、心不全などが出現する。
3.中枢神経系：長時間の息止め運動で低酸素状態になると、脳細胞が変形したり壊死したりして、頭痛や記憶喪失を引き起こすことがある。
息止め運動は自分の能力に合わせて行い、少しでも違和感があればすぐに中止し、すぐに医師の治療を受けること。