両腎水腎症はケースバイケースで治療する必要がある。 一般的には、ネフロン穿刺ドレナージ、膀胱鏡下尿ドレナージ、透析、腎摘除などの治療法がある。
1.ドレナージ：重篤な状態であれば、超音波ガイド下で経皮的腎結石切開術を行い尿を排出することも可能で、感染制御や腎機能改善の目的に有益である。 また、膀胱鏡を使ってダブルJチューブを留置し、腎盂尿を長期に内排尿することも可能で、腎機能を保護する目的も達成できる。
2.透析：アゾ血症や尿毒症が発生した場合、生命を脅かすような状態でなければ、まず尿を排出する必要がある。排出後もクレアチニンが減少せず、明らかな高カリウム血症が発生した場合は、透析治療を行う必要がある。
3.腎摘除術：重度の水腎症、腎実質の著しい破壊、萎縮、腎高血圧症、共同感染症などを引き起こし、腎機能が著しく低下している場合。 身体的条件が許せば、腎臓を摘出することができる。
水腎症が2つある場合は、できるだけ早く通常の病院で治療を受け、医師の指示に従って標準的な治療を行い、重篤な合併症を引き起こさないようにする必要があります。