牛黄清心丸の副作用はわかっていない。 しかし、妊娠中の女性は注意が必要であり、スポーツ選手は注意すべきである。 また、本品の処方には桂皮、アンドログラフィスが含まれていることがあり、長期間の過剰摂取は禁物であり、肝腎機能不全の人は慎重に使用すべきである。 牛黄清心丸は、清心解痰（心火を清め、痰を解消すること）、消怯散風（怯えを鎮め、風を払うこと）の作用がある。 風痰閉塞（風痰邪気が頭部や開口部を塞ぐ）、痰唾鬱結（痰の異常、唾液の過剰分泌）、錯乱、けいれん・てんかん（主に失神、ひきつけ、けいれんなどで現れる小児疾患）によるめまいや立ちくらみに用いる。 本方は清熱開竅の軽薬で、臨床診断は体熱と眠気、易刺激性、舌が赤く毛色が黄色、脈の数などから行う。 高熱、眠気、閉塞性脳梗塞の患者も、関連症状を緩和するためにこの薬で治療されることが多い。 牛黄清心丸の副作用は明らかではないので、患者は説明書をよく読み、医師の指導のもとで使用すること。