脊索腫の平均余命は約6.3年であるため.手術後の生存期間は基本的に6.3年前後で変動します。 脊索腫患者の予後は特によくないため.全体的に治療成績は満足できるものではなく.積極的な手術と放射線療法を併用しても.5年後の再発率は60～70％と高く.腫瘍が再発した場合にさらに放射線療法を行っても効果がないことが多く.かえって放射線療法のダメージを増大させ.患者の予後不良の一因となっている。 腫瘍の再発は重大な死亡原因であるが.何の治療も行わない脊索腫の平均余命は2年以下である。 したがって.脊索腫に対しては.放射線治療と組み合わせた積極的な手術が提唱されており.患者の生存期間を改善することができる。