慢性腎盂腎炎の治療には通常静菌療法が用いられるが、その効果には個人差がある。
慢性腎盂腎炎の抗菌薬は急性腎盂腎炎の抗菌薬と同様で、治療薬としてはセフロキシム、シプロフロキサシンなどがあり、2～4週間まで適切に延長し、効果がない場合や再発を繰り返す場合は、感受性の高い薬剤を選択し、2～4群をローテーションで合計2～4ヶ月間使用する。
上記の長期抗菌療法でも効果がない場合や再発を繰り返す場合は、低用量長期静菌療法、例えばサルファ剤、フロトキシン、ノルフロキサシンなどを1回1錠、毎晩排尿後の就寝時に6～12ヵ月間使用することで、再発を予防することができます。
尿路閉塞、尿路奇形、免疫力低下などの易感染因子がある場合は、やはり再感染・再発しやすいので、このような場合は原因因子を取り除くことが治療のポイントになります。
慢性腎盂腎炎の患者さんは、自己判断で薬を使用せず、病院の腎臓内科を受診し、医師の指導のもと標準的な治療を受けることをお勧めします。