表在性胃炎は通常、薬物療法、すなわちピロリ菌感染除去薬、胃腸動態改善薬、抗うつ薬、抗不安薬などで治療されることがほとんどである。 ヘリコバクター・ピロリに感染している場合、表在性胃炎が長引き、治りにくいことがほとんどで、ヘリコバクター・ピロリの除菌治療を選択する必要があり、ビスマスを含む4剤併用療法、すなわちプロトンポンプ阻害薬1種類＋抗生物質2種類＋ビスマス1種類で治療することがほとんどで、よく使われる薬はオメプラゾール、アモキシシリン、メトロニダゾール、クエン酸ビスマスカリウムなどである。 表在性胃炎の患者には、十二指腸の胃液が逆流した場合、胃腸の動きを改善する薬、例えばモサプリド、ドンペリドンなどを使用する。 表在性胃炎を患った後、消化不良の症状が現れ、日常生活や仕事に影響を及ぼす患者もいる。また、精神的な心理的症状もあるため、必要に応じて抗うつ薬や抗不安薬を使用する。 表在性胃炎の患者に対する治療は、主に病気の原因を取り除き、消化不良の症状を緩和し、胃腸粘膜の炎症を改善することである。 ただし、具体的な薬剤の選択については、医師の指示に従う必要がある。