胃食道逆流性咳嗽は通常、一般治療、薬物治療、手術によって治療される。
1.一般的な治療：食後すぐにベッドに横になることは勧められませんが、20～30分間は直立することができます。睡眠時には横になることを避け、ベッドの頭を15～20cm高くすることをお勧めします。
2.薬物治療：ドンペリドン、モサプリドなどの胃腸刺激剤を医師の処方に従って投与する。水酸化アルミニウム、炭酸カルシウム、炭酸マグネシウムなどの制酸剤を投与する。チオグリコール酸アルミニウム、プロスタグランジンなどの胃粘膜保護剤を投与する。
3.手術：食道狭窄と嚥下障害がある場合、医師の処方に従って食道拡張術を選択することが勧められる。穿孔や重度の食道狭窄がある場合は、食道切除術を選択する。
上記の薬剤は、専門の医師や薬剤師の指導のもと、標準化された合理的な方法で使用されるべきである。