肛門管腺癌に対する肛門温存法には、局所切除、放射線治療、放射線治療と化学療法の併用がある。
肛門管腺癌の少数の症例では、肛門を温存するために局所切除を行うことが可能であり、その適応としては、腫瘍が2cm以下であること、病変が表在性であること、可動性が良好であること、転移がないことなどが挙げられる。 局所切除の範囲は腫瘍断端2～2.5cmで、必要に応じて筋肉の一部を切除する。
放射線治療は主にコバルトを使用して照射し、肛門管腺がんで鼠径リンパ節転移がある場合は、まず放射線治療を行い、その後リンパ節郭清手術を行う。 放射線療法は小さな腫瘍に対しては90％の制御率を示す。
放射線療法と化学療法を併用するレジメンは、放射線療法によってもたらされる副作用を軽減することができ、また放射線療法の増感作用の役割も果たすことができる。 現在、放射線治療と化学療法の併用は肛門管癌の治療法として好ましいと考えられており、併用治療後の腫瘍退縮率は80％以上に達する。
肛門温存のための特定の肛門管腺癌治療法の選択は、特定の条件の評価に基づいて、医師の指導の下で行われるべきである。