もぐさの根は漢方薬の一部ではなく、もぐさの薬効部分はその葉、すなわち漢方薬のもぐさの葉である。 よもぎの葉には、月経を温めて止血する（身体の経絡を温めて体内の出血を止める）、寒を散らして痛みを和らげる（体内の寒を散らして痛みを和らげる）、湿を散らしてかゆみを和らげるなどの効能・働きがある。 よもぎの葉は辛味、苦味、温性の性質があり、吐血、鼻出血、喀血、血便、月経過多（月経量が多い、または数滴以上）、妊娠中の出血、月経障害、月経困難症、月経困難症、心腹寒痛（心臓や腹部の位置が冷える痛み）、下痢が長引く、けいれんを伴うコレラ、皮下脂肪低下症、湿疹、痔、癰潰瘍などの疾患に用いることができる。 よもぎの葉に含まれる揮発性オイルは、有効成分であると同時に毒性成分でもあり、皮膚の粘膜にほてりや潮紅を起こすことがある。 経口投与では胃や腸を刺激することがある。 アレルギーのある人は使用禁止、陰虚血熱のある人は服用に注意が必要なので注意。 病気の治療によもぎを使用する必要がある場合は、医師の指導を受ける必要がある。