プロバイオティクスの機能と役割は、体内の腸内フローラのバランスを改善し、体内微生物の健康に有益である。
1.下痢の予防と改善：食生活の乱れや抗生物質の服用は、腸内フローラのバランスを崩しやすく、下痢を引き起こしやすい。 プロバイオティクスを補給することで、腸内フローラのバランスを整え、腸内pHを正常に戻し、下痢を緩和することができる。また、腸管内の免疫機能を刺激し、免疫活性の低下や亢進を正常な状態に調整することで、乳幼児の免疫力を高めることができる。
2.抗生物質服用後の細菌叢の調整：乳幼児が抗生物質を服用すると、抗生物質は殺菌作用があり、腸管内の善玉菌と悪玉菌が排除され、胃腸の機能障害を引き起こす。この時、医師の指導の下、プロバイオティクスを補充し、腸内細菌叢のバランスを改善・維持することができる。
3.湿疹の再発を防ぐ：湿疹は再発しやすいので、アレルゲンを分離し、プロバイオティクスを適切に補充することが最善の方法である。 国内の研究では、プロバイオティクスであるラクトバチルス・ラムノサス（Lactobacillus rhamnosus）とビフィドバクテリウム・ラクティス（Bifidobacterium lactis）が乳児乳タンパクアレルギー性湿疹の予防と治療に使用できることが示されている。