通常の人間の胃酸ではピロリ菌を殺すことは難しい。
ピロリ菌は殺菌が難しく、完全に除菌するのは容易ではない種類の細菌である。 ピロリ菌の鞭毛は胃洞粘膜の上皮細胞の表面に固定され、胃酸の殺菌効果を避けることができる。産生されたウレアーゼは尿素を分解し、定着と繁殖に好都合な局所微小環境を形成し、感染を慢性化させる。
現在、ピロリ菌の殺菌には、主に1種類の制酸剤（オメプラゾール、パントプラゾールなど）＋1種類のビスマス（クエン酸ビスマスカリウム、コロイド状ビスマスペクチンなど）＋2種類の抗生物質（アモキシシリン、クラリスロマイシン、メトロニダゾールなど）の4剤併用療法が採用されており、投薬期間は10～14日間である。
ヘリコバクター・ピロリ感染と診断された場合は、早めに病院へ行くことをお勧めします。 上記の薬は医師の指導のもとで服用し、自己判断で服用してはいけません。