既存の心臓病と様々な奇形が組み合わさった場合、一般的な治療、薬物療法、手術などによって治療することができる。
1.一般的な治療：主なことは安静にして、身体活動によって末梢臓器への血液供給を減らすことである。 必要に応じて酸素吸入を行い、低酸素症の症状を緩和する。
2.薬物療法：主に関連する症状に対するもので、例えば心不全の場合はジギタリス製剤や利尿剤などで症状を緩和する。 ニフェジピンなどのカルシウム拮抗薬は血管を拡張し、肺動脈圧亢進の症状を緩和します。
3.外科的治療：弁狭窄症であれば弁形成術、動脈管狭窄症であれば動脈管手術、心室中隔欠損症や心房中隔欠損症であれば心室中隔閉塞術や心房中隔閉塞術などを行います。
複数の奇形が合併している場合は、時間内に治療を受け、医師の指導の下、関連する薬剤を使用する必要がある。