A型インフルエンザに後遺症が残るかどうかは、適時の治療が行われたかどうか、患者の健康状態などが関係してきます。 A型インフルエンザは発症が比較的早く、罹病期間も短いため、軽症の場合は適時効果的な治療を行えば、合併症や後遺症を残すことなく軽快することが多い。 しかし、患者が糖尿病、高血圧症などの様々な基礎疾患を患っており、適時かつ効果的な治療を受けなかったり、重症化したりすると、肺の炎症、喘息、急性呼吸窮迫症候群などを引き起こしやすく、病気が治った後も患者の肺機能に一定の影響を及ぼす。 したがって、A型インフルエンザに罹患している患者は、病状を遅らせることのないよう、医師の指示に遅滞なく従う必要がある。