クリトリス嚢腫は一般治療、薬物治療、手術によって治療することができる。
1.一般治療：患者は辛くて刺激的な食べ物を控え、外陰部を清潔で衛生的に保ち、膣分泌液が局所の皮膚に与える刺激を減らし、安静に注意し、治療期間中は性交渉を禁止し、局所の摩擦を減らすためにゆったりしたズボンを着用する。
2.薬物療法：嚢腫が小さい場合は、エリスロマイシン軟膏を外用するか、医師の処方に従って漢方薬で燻蒸する。
3.手術：より大きな嚢胞に対しては、治療効果を得るために、局所病変を取り除く手術を受けることが勧められる。
クリトリス嚢腫のある女性は、通常の病院の婦人科を受診し、医師の指導のもと適切な治療を選択することが勧められる。