医療用ポビドンヨードは醤油のような淡褐色で、味はまろやかで、濃度は1％前後が多く、皮膚や粘膜への刺激が少なく、広範囲に作用する殺菌効果があるため、皮膚や粘膜の消毒、あるいは火傷ややけどの治療、感染性膣炎の治療、皮膚マイコバクテリア感染症などの治療に使用でき、手術器具の消毒や術前消毒にも使用できる。
副反応としては、誤用により消化管が腐食され、吐血、悪心、嘔吐、胸やけ等が起こり、重症の場合はショックを起こすことがあり、また、ごくまれにアレルギー反応を起こし、喉頭浮腫、喘息等を起こすことがあるので、使用を中止し、速やかに医師の診察を受ける必要がある。
ポビドンヨードは外用薬であり、経口使用は禁止されており、金属腐食性があるため、金属との接触を避け、光を避けて保管する必要がある。