甲状腺腺腫の嚢胞変性に対する手術では通常、麻酔、切開、周囲組織の分離、小葉または腺腫の切除、止血、縫合が行われる。 大きな甲状腺腺腫は嚢胞化する可能性があり、通常は肺葉切除が行われるが、嚢胞化した小さな腺腫に対しては部分切除が行われることもある。 手術には全身麻酔が必要なことが多い。 開腹手術の場合は、皮膚、皮下組織、および頸部広背筋を胸骨の上2横指の位置で切開することができる；低侵襲性腹腔鏡手術の場合は、腋窩、鎖骨下または顎下領域で切開することができる。 皮膚フラップを甲状腺まで切り離し、十分な視覚化を得る。 その後の手術手順は、開腹手術でも低侵襲手術でも同じである。すなわち、甲状腺を可視化した後、上喉頭神経の保護に注意しながら甲状腺上部の上甲状腺動脈と静脈を結紮し、甲状腺下極に近接した下動脈を結紮し、副甲状腺を保護し、必要に応じて反回神経を分離した後、患側の小葉を切除するか腫瘍を摘出する。 腫瘍または小葉の摘出後、止血を行い、麻酔から覚醒するまでの間、皮膚と皮下組織を一層ずつ縫合することができる。 甲状腺腺腫嚢胞変性症には様々な手術方法があり、手術方法は患者の状態、患者のニーズと希望などを参考にする必要がある。