口内炎や舌炎には再発性アフタ性潰瘍、外傷性口内炎などがあり、治癒を早めるためには原因に応じた治療が必要である。
再発性アフタ性潰瘍：主に免疫因子、環境因子、遺伝因子によるもので、再発を繰り返す場合、主に対症療法として、局所に遺伝子組換えウシアルカリ線維芽細胞増殖因子スプレーやトレチノインフィルム塗布、全身的には免疫調整のために白芍薬配糖体を内服することが適切である。
外傷性口腔潰瘍は主に唇の噛み合わせ、異物刺激、歯根や歯冠の残存、修復不良などが原因である。病気の原因を調べ、刺激因子を取り除き、赤みや腫れの治癒を促進するために組換えウシアルカリ線維芽細胞増殖因子スプレーを局所的に使用する必要があり、クロルヘキシジンうがい薬やセファロスポリン系抗生物質の内服を使用することができる。
また、潰瘍の間は安静にし、食事は軽めにし、辛い刺激物は避ける。 対症療法で治ることもあるが、治るまでの期間は個人の体質や病気の重さなどに影響される。 薬剤は医師の指導のもとに使用する。