腎結石の原因には、代謝的要因、局所解剖学的要因、薬剤関連要因がある。 1.代謝因子： 代謝異常には、尿pH、高カルシウム血症、高カルシウム尿症、高シュウ酸尿症、高尿酸尿症、シスチン尿症、低硝酸尿症、低マグネシウム尿症などがある。 2.局所の解剖学的要因： 尿路閉塞、感染症、尿路内異物の存在などが結石形成を誘発する主な局所的要因である。 尿路閉塞は感染症や結石形成の原因となり、結石自体は尿路内異物であるため、尿路閉塞や感染症の程度を悪化させる。 3.薬剤関連因子 (1)HIV感染症治療薬（インジナビルなど）、セフトリアキソンナトリウム、ケイ酸マグネシウム、スルホンアミドなど、尿中濃度が高く、溶解度が比較的低い薬剤については、それ自体が結石の成分となる。 (2)ビタミンD、ビタミンC、コルチコステロイドなど、結石形成を誘発する可能性のある薬剤で、代謝の過程で他の成分の結石形成につながるもの。