重度の腸上皮異形成を伴う萎縮性胃炎の患者は、少なくとも3ヵ月は経過をみる必要があり、必要に応じて内視鏡手術が必要である。
重度の腸管形質転換を伴う萎縮性胃炎は、胃粘膜の萎縮、腸管上皮形質転換に基づく胃腺の減少（つまり、胃粘膜上皮細胞が腸管粘膜上皮細胞に置き換わるという病的現象）、吐き気、嘔吐、胃酸の逆流、胸やけ、胃痛、胃の膨満感などの症状が現れることがあります。
重度の腸管形質転換を伴う萎縮性胃炎は、エソメプラゾールやオメプラゾールなどのプロトンポンプ阻害薬で治療することで、酸逆流、胸やけ、胸やけ感などの症状を緩和することができる。チオグリコール酸アルミニウムやクエン酸ビスマスカリウムなどの胃粘膜保護剤で胃痛や吐き気などの症状を改善することができる。また、乳酸菌や枯草菌などの微生物製剤で胃腸の消化吸収を促進し、胃部膨満感や腹鳴などの症状を改善することができる。
重度の腸管形質転換を伴う萎縮性胃炎の患者は治療経過が長く、3ヵ月間治療が必要な患者もいれば、半年まで延長する場合もあり、必要に応じて内視鏡手術が必要となる。
重度の腸管形質転換を伴う萎縮性胃炎の患者さんは、明確な診断と的を射た治療のために、速やかに医師の診察を受けることをお勧めします。 また、上記の薬剤はすべて医師の指導のもとに服用すべきものであり、許可なく使用してはならない。