非定型膜性腎症は積極的な治療によって軽快することがあるが、通常は完治することはない。 主な治療法は一般治療、腎症治療、合併症治療である。
1.一般治療：安静に注意し、不必要な肉体労働やスポーツを減らし、激しい運動を避ける。高血圧を引き起こしたり、悪化させたりしないように、食事中のナトリウムの摂取を厳格に制限し、タンパク質を適度に摂取し、良質のタンパク質が適している。
2.薬物治療：メチルプレドニゾロンなどの副腎皮質ステロイド薬だけではこの種の疾患には効果がなく、一般的に副腎皮質ステロイド薬とタクロリムスなどの免疫抑制薬を同時に適用する必要があり、患者の腎臓の病的変化の重症度に応じて、医師の指導の下、適切な薬剤を選択する。
3.合併症の治療：膜性腎症の患者は、高脂血症や凝固異常などの合併症を併発していることが多く、合併症の種類に応じて治療を行う必要がある。
非典型的な膜性腎症の患者さんは、早めに医師の診断を受け、医師の指示に従うことが推奨される。