口内炎を早く良くする唯一の治療法はないが、一般的な治療と薬物療法（コトリモキサゾールうがい薬など）によって症状を緩和することができる。
1.一般治療：口腔内の清潔と衛生に注意し、歯磨きやうがいを励行して感染を予防する。
2.薬物治療：口腔内の抗炎症のために複合クロルヘキシジンうがい薬などの薬剤を使用することができます。創傷治癒を促進するために遺伝子組換えヒト上皮成長因子ゲルなどの薬剤を使用することができます。また、潰瘍表面の収束に有益な局所殺菌のためにセジリオジン錠などの薬剤を使用することができます。
また、ビタミンB1、ビタミンB2などの薬剤を服用することで、病変部の治癒を促進することができます。同時感染症には、アモキシシリンなどの薬剤を使用することができます。
口内炎は適時に診察と治療を受け、医師の投薬指示を厳守する必要がある。