最も簡単な腸管機能障害の治し方は科学的根拠に基づくものではなく、腸管機能障害は生活習慣の改善や薬物療法などで治すことができます。
1.不規則な食事と感情的ストレス：不規則な食事、感情的ストレス、仕事と休養時間の乱れによって引き起こされる腸機能障害は、食事を改善し、感情を整え、規則正しく仕事と休養をすることで治すことができる。
2.過敏性腸症候群：生活習慣や食生活を改善するだけでなく、鎮痙・鎮痛剤である臭化ピボキシルアンモニウム、下痢止めのジフェノキシル酸塩錠、腸内細菌叢のバランスを整えるビフィズス菌などのプロバイオティクスを必要に応じて内服する。
3.感染性腸炎：食事の不純物による細菌やウイルス感染が引き金となり、腸の機能障害を引き起こす感染性腸炎は、通常は自然治癒せず、重症化すると下痢、吐き気・嘔吐、電解質異常などを引き起こす。 腸炎は医師の指示に従い、ノルフロキサシンなどを服用する必要がある。
しかし、抗生物質自体が腸内細菌叢の異常を引き起こし、腸管機能障害を引き起こすこともある。 敏感な人は腸内洗浄のためにリファキシミン、腸内フローラを整えるためにビフィズス菌や乳酸菌などのプロバイオティクスを医師の処方に従って使用してみることをお勧めする。
腸管機能障害のある患者は、適時医師に相談して検査を受ける必要があり、医師は患者の状態に応じて適切な治療法を指示する。