ミフェプリストンとして1800mgを単回経口摂取した場合、重篤な副作用は報告されていないが、摂取量が大幅に超過した場合、副腎不全の徴候が現れる可能性があるので注意が必要である。
ミフェプリストンは、内服すると血流にのってすべての臓器・組織に分布し、肝臓と腎臓の分布が高く、腎臓が優位であるため、これらの臓器も中毒の原因となる。 研究によると、1800gを単回経口投与した場合、重篤な副作用は認められていないが、投与量をはるかに超えると副腎不全を起こす可能性があり、ミフェプリストンの長期過剰投与は副腎皮質の帯状筋膜の細胞も損傷する可能性がある。
ミフェプリストンは現在、避妊していない性交渉や避妊失敗の72時間後の緊急避妊に、あるいは閉経後49日以内の妊娠終了のためにプロスタグランジン製剤と併用するのが一般的である。
子宮出血、下腹部痛、吐き気、嘔吐、疲労、背部痛、消化不良など、より一般的な副作用がある。 本剤に対する過敏症、心疾患、肝疾患、腎疾患、副腎皮質機能不全、プロスタグランジン製剤の使用禁忌、子宮内避妊器具（IUD）を装着しての妊娠または子宮外妊娠の疑い、異常出血の既往歴、抗凝固剤治療の併用がある患者には禁忌である。
本剤は医療専門家の監督下で使用することが推奨される。