生命を脅かす小腸大腸炎を合併した新生児巨大結腸、腸管穿孔、病態が疑わしい場合は瘻孔が必要。 1.生命を脅かす小腸大腸炎を合併：保存的治療が無効な場合、緊急帝王切開、術中凍結病理検査、瘻孔造設。 2.腸管穿孔を合併している場合：これらの小児の病態はより重篤であることが多く、結腸の拡張が明らかでないことが多いので、診断を明確にするために結腸または直腸の術中生検を行う。 3.腸管の拡張した部分が長い：この部分は瘻孔とし、根治手術の前に3～6ヶ月待つべきとする学者もいる。 4.病理学的検査が疑わしい：新生児腸閉塞、腸管穿孔、巨大結腸の臨床的疑い、病院の緊急外科的探査のために、経験豊富な病理医が不足している場合、術中操作は、終末回腸吻合術または穿孔修復、穿孔近位腸間膜吻合術を実施することが適切である。 5.長結腸、全結腸性巨大結腸：このような患者は、まず瘻孔を形成し、その後根治手術を受けることを勧められる。 6.ダウン症候群または発達遅滞：新生児期に小腸大腸炎を起こしたこれらの患者には、人工肛門造設術が適切である。 また、巨大結腸症児の発達遅滞の他の原因として、術後の肛門周囲びらん、失禁、腸閉塞なども平均的な小児より対応が難しいので、最初に人工肛門を選択することが望ましい。 巨大結腸症の新生児は、速やかに医療機関を受診し、関連する検査を受け、専門医の指導に耳を傾ける必要がある。