末端消毒の方法は、汚染物質、空気、患者の排泄物や嘔吐物、輸送手段など、消毒する対象によって判断される。 消毒対象によって、アルコール、84消毒薬、ペルオキシ酢酸など、さまざまな消毒薬を選択することができる。主な基準は、患者によって拡散され、居室やさまざまな物に残された病原体を完全に除去し、流行地を無害化することである。 1.汚染物質：1000mg/Lの塩素系消毒剤または500mg/Lの二酸化塩素系消毒剤を汚染物質の拭き取りまたは噴霧に使用し、消毒の目的を達成することができる。 2.空気：時間内に空調システムを停止させ、屋内外の空気循環を強化し、その後、広範囲の空気消毒を行う。 3.患者の排泄物や嘔吐物：専用の容器に回収し、有効塩素20,000mg/Lを含む消毒液に、排泄物と薬剤を1：2の割合で2時間程度浸漬して消毒する。 4.運搬車両：1000mg/Lの塩素系消毒剤、0.2％～0.5％のペルオキシ酢酸系消毒剤、500mg/Lの二酸化塩素系消毒剤を散布または拭き取り、30分後に水拭きする。 ただし、最終的な消毒は防疫担当者の指導のもとで行う必要があり、作業は自己防護に留意し、専門的な保護具を着用する。 また、消毒者は保護具を外す際、汚染された表面との接触を避け、各工程で手を消毒するように心がけるべきである。