手術前の消毒方法は、消毒部位の汚染度に関係し、通常3回行う。 清潔な部位に対しては、術野の中心から周囲に向かって消毒を開始し、これを遠心消毒といい、会陰部、肛門、感染創に対しては、外側から内側に向かって消毒を行い、これを遠心消毒という。 回の消毒にはポビドンヨードが一般的である。 術者は腕を消毒した後、楕円形の鉗子を持って患者の右側に立ち、ポビドンヨード綿球を持ち、1回目の消毒は術部の中心から開始し、周囲の皮膚を漏れなく消毒し、消毒液が乾いたら滅菌した楕円形の鉗子を交換し、同様に2回目の消毒を行い、3回目の消毒を行うというように、各消毒の消毒範囲は前の消毒の消毒範囲を超えないようにする。 なお、消毒の際、楕円鉗子のヘッドエンドはグリップエンドより低く保つ。 消毒範囲は手術切開部の周囲15～20cmである。