小児が飛燕丸を服用すると、虫を殺し、滞りをなくし、脾を強め、熱を清める一定の効果がある。
中焦を温めて気を動かし、腸を収斂させて下痢を止める（腸管の収斂性を高めて下痢を和らげる）ナツメグ、脾を強めて食を除く木香、脾を強めて胃を調和させる六神丸、気を動かして食を除き、脾を強めて胃を開く舞茸、熱を取り除き湿を乾かして熱を取り除き毒素を解毒する黄連、さらに虫を殺して停滞を除く檳榔子と地胆からなる。
飛爾丸はすべての薬を組み合わせて、虫を殺し、滞りをなくし、脾を強め、熱を取り除く効能があり、小児の消化不良、虫や滞りによる腹痛、黄色症、やせ症、飲食の減少、腹部膨満感、下痢などの治療によく用いられる。
不快な症状がある場合は、大人の家族の指導のもと、速やかに医師の診察を受け、医師の指導のもと服薬することを勧める。