進行したAIDSは一般的に余命に影響するが、患者が定期的に治療を受ければ余命を延ばすことは可能である。 コントロールされていないAIDSの末期には、ニューモシスチス・カリニ肺炎、トキソプラズマ症、播種性マイコバクテリウム・アビウム感染症などの日和見感染を中心に、多くの合併症が起こる。 また、ある種の悪性腫瘍（カポジ肉腫、リンパ腫）や、消耗性疾患や脳症など、制御されていないHIV感染そのものが関係していると考えられる、他に原因がわかっていない疾患など、AIDSを示す疾患も数多くあります。 上記の合併症は、HIVとともに生きる人々の余命に深刻な影響を及ぼす可能性があるため、HIVと診断された後の早期介入が不可欠であり、抗レトロウイルス療法（ART）の併用は治療選択肢に革命をもたらしました。 HIV感染を完治させる治療法は存在しないが、病気の自然経過は根本的に変化しており、重篤な免疫抑制が起こる前に他の重篤な合併症のないHIV感染者を治療することで、平均余命は一般集団のそれに近づくと期待されている。