消毒薬の常用は一般に害はないが、過剰に使用すると皮膚や呼吸器を刺激し、誤って服用すると胃粘膜を刺激することがある。 一般に、消毒薬の錠剤を正しい方法で使用しても害はない。 しかし、説明書通りに使用せず、過剰に使用した場合、水に溶けた大量の消毒錠が刺激臭となり、鼻腔から吸入され、ヒトの呼吸器粘膜に障害を与え、咳、くしゃみ、鼻水の症状を引き起こすことがある。 また、手指などの皮膚に消毒用錠剤が長時間接触すると、皮膚を刺激し、発赤、腫脹、火傷のような痛みなどの症状を引き起こすことがある。 また、誤って消毒用錠剤を服用した場合、消化管の粘膜を刺激し、吐き気、嘔吐、腹痛、胃酸逆流などの症状を引き起こすことがあります。 そのため、消毒用錠剤を使用する前には必ず説明書を読み、怪我をしないように使用方法に注意すること。